XÁC ĐỊNH ĐA HÌNH NUCLEOTIDE ĐƠN KHÔNG ĐỒNG NGHĨA (NON-SYNONYMOUS SNP) TIỀM NĂNG LIÊN QUAN ĐẾN TÍNH TRẠNG TĂNG TRƯỞNG TRÊN CÁ CHÉP LAI BẰNG GIẢI TRÌNH TỰ RNA-SEQUENCING

Abstract

Common carp (Cyprinus carpio) is a traditionally important freshwater aquaculture species in many countries. Conventional selective breeding, when combined with molecular genetics, plays a crucial role in improving growth rate, productivity, and economic efficiency. This study applied RNA-sequencing technology to identify potential non-synonymous single-nucleotide polymorphisms (nsSNPs) in two hybrid carp groups (fast-growing and slow-growing), derived from crosses between pure Hungarian and Vietnamese carp lines. After sequencing, the total number of filtered reads was approximately 24.6 million in the fast-growing group (FG) and 24.8 million in the slow-growing group (SG), with mapping rates of 87.64% and 84.79%, respectively. A total of 333,328 SNPs were identified in FG and 453,729 in SG, with 138,837 SNPs shared between the two groups. Statistical analysis revealed 1,984 SNPs significantly associated with growth differences, distributed across 47 chromosomes. Functional annotation indicated that most nsSNPs were located in genes related to carbon and energy metabolism. Notably, 37 potential nsSNPs were detected in genes such as Myogenic Factor 6, Myozenin, and Myosin, which are known to be involved in muscle development and growth regulation. These findings provide valuable insights and a scientific foundation for improving the efficiency of fast-growing common carp breeding programs in Vietnam.

Tóm tắt

Cá chép (Cyprinus carpio) là loài cá nuôi nước ngọt truyền thống quan trọng trong nuôi trồng thủy sản ở nhiều quốc gia. Chọn giống truyền thống kết hợp di truyền phân tử đóng vai trò quan trọng trong cải thiện tốc độ sinh trưởng, nâng cao năng suất và hiệu quả kinh tế. Công nghệ RNA-sequencing được áp dụng trong nghiên cứu này để xác định các SNP không đồng nghĩa (nsSNP) tiềm năng của 2 nhóm cá chép lai (sinh trưởng nhanh và sinh trưởng chậm) giữa cá chép thuần Hungary và cá chép thuần Việt Nam. Sau khi giải trình tự, tổng số reads sau sàng lọc đạt ~24,6 triệu ở nhóm sinh trưởng nhanh (FG) và ~24,8 triệu ở nhóm sinh trưởng chậm (SG), với tỷ lệ mapping tương ứng là 87,64% và 84,79%. Phân tích xác định 333.328 SNP ở FG, 453.729 SNP ở SG, trong đó có 138.837 SNP chung. Kết quả kiểm định SNP cho thấy, 1.984 SNP có ý nghĩa thống kê liên quan đến khác biệt tăng trưởng, phân bố trên 47 nhiễm sắc thể. Phân tích chức năng cho thấy, các nsSNP chủ yếu nằm ở các gen liên quan đến chuyển hóa các-bon và năng lượng. Đặc biệt, 37 nsSNP tiềm năng được phát hiện trong các gen như: Myogenic Factor 6, Myozenin, Myosin, có vai trò quan trọng trong phát triển cơ và tăng trưởng. Kết quả nghiên cứu là cơ sở khoa học giúp cho các chương trình chọn giống cá chép sinh trưởng nhanh ở Việt Nam đạt hiệu cao hơn.