ĐÁNH GIÁ MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ GIỐNG HỒ TIÊU (Piper nigrum L.) VÙNG ĐÔNG NAM BỘ BẰNG GEN MATK

Abstract

The genetic relationships of black pepper varieties (Piper nigrum L.) in the Eastern Southern were evaluated through comparing the matK gene sequences of the collected samples and the reference sequences on the NCBI database. Analysis results of the change of matK gene nucleotide sequence of black pepper varieties showed that Vietnamese black pepper varieties have many variations in the nucleotide sequence compared to black pepper varieties in the world, especially VLDN3 and ADDN has 17 different positions compared to the world black pepper group. The important characteristic change areas of the Vietnamese pepper group occurred at position 463 (except for VLDN1), accounting for 85.71% of the total collected pepper samples. At position 680, changes appeared in four varieties of pepper (VLDN2, VLVT2, VLDN3, and ADDN), accounting for 57.14% of the total samples collected. Phylogenetic relationships among black pepper groups in Vietnam were also analyzed and the results showed that VNI group had a closer relationship than the East Asia group (China, Japan) and Southeast Asia group (Thailand, Philippines and Pakistan) compared to the VNII group.

Tóm tắt

Mối quan hệ di truyền của các giống hồ tiêu thuộc vùng Đông Nam bộ được đánh giá thông qua việc so sánh trình tự gen matK của các giống hồ tiêu thu thập được và các trình tự tham chiếu trên nguồn cơ sở dữ liệu NCBI. Kết quả phân tích sự biến đổi trình tự nucleotide gen matK của các giống hồ tiêu cho thấy, các giống hồ tiêu Việt Nam có sự biến đổi trình tự nucleotide nhiều so với các giống hồ tiêu trên thế giới, đặc biệt là giống VLDN3 và ADDN có 17 vị trí biến đổi so với nhóm hồ tiêu thế giới. Các vùng biến đổi đặc trưng quan trọng của nhóm hồ tiêu Việt Nam xảy ra ở vị trí 463 (trừ mẫu giống VLDN1) chiếm tỉ lệ 85,71% trên tổng số mẫu hồ tiêu thu thập. Ở vị trí 680, sự biến đổi xuất hiện ở 4 giống hồ tiêu (VLDN2, VLVT2, VLDN3 và ADDN), chiếm 57,14% tổng số mẫu thu thập. Mối quan hệ phát sinh loài giữa các nhóm hồ tiêu Việt Nam cũng được phân tích và kết quả cho thấy, các giống hồ tiêu nhóm VNI (VLDN1, VLDN2, VLDN9, SRDN, VLVT2) có mối quan hệ gần hơn so với các giống hồ tiêu thuộc nhóm VNII (VLDN3 và ADDN). Mối quan hệ phát sinh loài của nhóm hồ tiêu Việt Nam và thế giới cũng được xác định khi kết quả phân tích cho thấy nhóm hồ tiêu VNI có mối quan hệ gần hơn nhóm hồ tiêu East Asia (Trung Quốc, Nhật Bản) và Southeast Asia (Thái Lan, Philipin và Pakistan) so với nhóm hồ tiêu VNII.