ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN VÀ CẤU TRÚC QUẦN THỂ MỘT SỐ ĐÀN CÁ CHÉP Ở VIỆT NAM

Abstract

In this study, genetic diversity, population structure, and phylogenetics of 7 common carp strains including Vietnamese white carp (VN), breeding carp V1 (V1), Hungarian scaly carp (HV), Indonesian goldfish (IN), Hungarian scaly carp Tata (TAT), Hungarian scaly carp Szarvas (SZA) and Czech Republic carp (SE) based on COI and D-loop sequences analysis. Results showed that VN and V1 were the highest genetic diversity populations while HV, TAT, SZA, SE, and IN had low genetic diversity in both COI and D-loop genes. This study identified a total of 53 haplotypes and all haplotype sequences were deposited in the GenBank database, accession numbers MW450991-MW451003 (for COI gene) and MW463062-MW463101 (for D-loop gene). In terms of genetic differentiation, the most notable was the genetic difference in the COI gene between SE and all other populations, specifically, between SE and HV, SE and SZA (both had FST = 1), this suggests that there was no genetic sharing between these populations based on studied genes. All populations had a clear population structure due to the significant contribution of genetic differences among populations based on COI AMOVA analysis. Phylogenetic presented a long genetic relationship between SE and other remaining populations (for COI gene) and a close genetic relationship of 7 studied populations (for D-loop gene). Our research contributed to creating a database of references and supporting studies that need information on genetic resources of some common carp populations in Vietnam as well as serving for breeding and conserving genetic resources.

Tóm tắt

Nghiên cứu này đánh giá đa dạng di truyền, cấu trúc quần thể, phát sinh loài của 7 đàn cá chép bao gồm: cá chép trắng Việt Nam (VN), cá chép chọn giống V1 (V1), cá chép vảy Hungary (HV), cá chép vàng Indonesia (IN), cá chép vảy Hungary đàn Tata (TAT), cá chép vảy Hungary đàn Szarvas (SZA) và cá chép Cộng hòa Séc (SE) dựa trên phân tích trình tự gen COI và D-loop. Kết quả chỉ ra rằng, đàn VN và V1 là đàn có đa dạng di truyền cao nhất trong khi các đàn HV, TAT, SZA, SE và IN có đa dạng di truyền thấp khi xét trên cả 2 gen COI và D-loop. Nghiên cứu đã xác định được 53 haplotype, trình tự các haplotype đã được công bố trên GenBank - NCBI, với mã số MW450991 - MW451003 (gen COI) và MW463062 - MW463101 (gen D-loop). Về sai khác di truyền, đáng chú ý nhất là sự sai khác di truyền xét trên gen COI giữa đàn SE với tất cả các đàn cá chép còn lại, đặc biệt là giữa SE và HV, giữa SE và SZA (đều có F_ST = 1), cho thấy không có sự chia sẻ về mặt di truyền giữa các đàn này. Kết quả phân tích AMOVA dựa trên gen COI cho thấy các đàn có cấu trúc quần thể rõ ràng do sự đóng góp đáng kể về khác biệt di truyền giữa các đàn. Cây phát sinh loài phân tử cho thấy mối quan hệ di truyền xa giữa SE và các đàn còn lại (xét trên gen COI) và mối quan hệ di truyền gần gũi của 7 đàn (xét trên gen D-loop). Nghiên cứu đã góp phần tạo cơ sở dữ liệu nguồn gen tham chiếu và phụ trợ cho các nghiên cứu cần thông tin về nguồn gen của một số đàn cá chép ở Việt Nam hiện nay, đồng thời phục vụ công tác chọn giống và bảo tồn nguồn gen.