XÁC ĐỊNH MÃ VẠCH ADN PHỤC VỤ GIÁM ĐỊNH LOÀI PHI ĐIỆP TÍM HÒA BÌNH (Dendrobium sp.)

Abstract

Dendrobium sp. is a species of high economic value with ornamental plant and medicinal plant. Dendrobium sp. at Hoa Binh have special flower shape and special flower colours compared to another areas. So, it is necessary to identify DNA barcode fragments of the Dendrobium sp. for species identification. The genomic DNA was extracted from leaf tissue of Dendrobium sp.. The  DNA barcodes (rbcL, TrnH-psbA and ycf) were amplified from total DNA of Dendrobium sp. by PCR technique. The PCR results indicated that all DNA bands have the size similar to the theoretical size of rbcL, TrnH-psbA and ycf. Results nucleotide sequencing of PCR product samples showed that the size of the isolated rbcL fragment is 740 nucleotide, trnH-psbA fragment is 844 nucleotide and ycf  fragment is 821 nucleotide. These sequences were analysed by NCBI we found that: Dendrobium sp. is Dendrobium anosmun with percent identity 100% of rbcL, TrnH-psbA gene fragment and 96.16% of ycf gene fragment. And then, these sequences were compared with Dendrobium tosaense in NCBI showed that: rbcL gene fragment is similar to 100%, TrnH-psbA gene fragment is similar to 98.52%, ycf gene fragment is similar to 92.61%. It is the best for using ycf  molecular marker as  DNA barcode to identify Dendrobium anosmun in Vietnam.

Tóm tắt

Lan Phi điệp tím là các loài cây có giá trị kinh tế cao, làm cảnh, làm thuốc. Phi điệp tím Hòa Bình đặc trưng riêng so với các loại phi điệp có nơi phân bố khác về hình dạng, màu sắc hoa. Do vậy, việc xác định các đoạn mã vạch ADN để định danh cho loài Phi điệp tím Hòa Bình (Dendrobium sp.) phục vụ giám định loài là cần thiết. ADN tổng số được phân lập từ lá cây Phi điệp tím. Các đoạn mã vạch ADN (rbcL, TrnH-psbA và ycf) được nhân bản từ ADN tổng số của Phi điệp tím bằng kỹ thuật PCR. Sản phẩm PCR chỉ ra rằng các băng thu được có kích thước giống với kích thước dự kiến, sau đó sản phẩm PCR được xác định trình tự. Kết quả phân tích trình tự đã chỉ ra, đoạn rbcL có 740 nucleotide, đoạn TrnH-psbA có 844 nucleotide và đoạn ycf có 821 nucleotide. Các trình tự này sau đó được xử lý trên Ngân hàng Gen quốc tế (NCBI) đã tìm ra: loài Phi điệp tím Hòa Bình thuộc loài Dendrobium anosmun với các tỷ lệ tương đồng 100% của đoạn gen rbcL, trnH-psbA và 96,16% của đoạn ycf. So sánh sự khác biệt của Phi điệp tím Hòa Bình với các loài Lan (Dendrobium tosaense) khác cho thấy: đoạn gen rbcL tương đồng 100% với loài Dendrobium tosaense, đoạn gen TrnH-psbA tương đồng 98,52% với loài Dendrobium tosaense, đoạn gen ycf  tương đồng 92,61% với loài Dendrobium tosaense. Sử dụng chỉ thị ycf  là tốt nhất làm mã vạch  ADN để giám định loài Phi điệp tím ở Việt Nam.