PHÂN TÍCH MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ MẪU GIỐNG GẤC (Momordica cochinchinensis (Lour.) Spreng) THU THẬP Ở VIỆT NAM TRÊN CƠ SỞ TRÌNH TỰ VÙNG ITS

Abstract

In the present study, the genetic relationships of the 40 accessions of Momordica cochinchinensis collected from 18 provinces in Vietnam were assessed based on ITS sequences. The ITS region was 645 bp in length, having 100% coverage and genetic similarity from 93.9 to 99.69% compared with the ITS region on GenBank AY606266. There was a difference of 74/654 positions (11.31%), and 580/654 positions (88.69%) of conserved sequences in the ITS region. The 5.8S gene had a highly conserved sequence with only 5 variations in the gene. The ITS1 had a greater change with 10 different positions. ITS2 was the most variable with 59 different positions. The genetic distance ranges from 0.0 to 0.076, corresponding to the genetic similarity coefficient ranging from 0.924 to 1.00. A total of 40 accessions were divided into 3 main groups on the genetic relationship tree. Research results are useful for the conservation, breeding, and development of M. cochinchinensis in Vietnam.

Tóm tắt

Trong nghiên cứu này, mối quan hệ di truyền của 40 mẫu giống gấc (Momordica cochinchinensis) thu thập từ 18 tỉnh/thành ở Việt Nam đã được đánh giá trên cơ sở trình tự vùng ITS. Vùng ITS dài 654 bp, có mức bao phủ 100% và tương đồng di truyền cao nhất từ 93,9 - 99,69% so với vùng ITS đã công bố trên GenBank với mã số AY606266. Kết quả phân tích cho thấy vùng biến đổi có 74/654 vị trí, chiếm 11,31% và vùng bảo tồn có 580/654, vị trí chiếm 88,69%. Gen 5.8S bảo tồn cao nhất với chỉ 5 vị trí sai khác, trong khi vùng ITS1 có 10 vị trí sai khác, vùng ITS2 có sự thay đổi nhiều nhất với 59 vị trí sai khác. Khoảng cách di truyền trong số 40 mẫu nghiên cứu dao động từ 0,0 - 0,076. Tổng cộng 40 mẫu giống gấc được chia làm 3 nhóm chính trên sơ đồ cây quan hệ di truyền. Kết quả nghiên cứu góp phần bảo tồn, chọn tạo giống và phát triển gấc ở Việt Nam.