SO SÁNH SỰ BIỂU HIỆN GEN LIÊN QUAN ĐẾN TÍNH TRẠNG SINH SẢN CỦA TÔM SÚ (Penaeus monodon) BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ RNA (RNA-seq) VÀ PCR ĐỊNH LƯỢNG (qPCR)

Abstract

Expression analysis of candidate genes related to a reproductive trait was performed on various tissues of wild and domesticated female black tiger shrimps using RNA-seq and qPCR techniques.  The aim of the current study was to compare the gene expression patterns between the different RNA-based techniques used. For hepatopancres tissues, 6 genes out of 10 genes expressed similarly while gen cytochrome P450 2L1-like was down-regulated using the RNA-seq technique and up-regulated using qPCR. For ovarian tissues, genes anti-lipopolysaccharide factor-like and NADH dehydrogenase subunit 1 had the same trend when two techniques were employed. The expressed genes in the hepatopancreas tissues were also studied in the ovaries. These genes were not expressed or expressed insignificantly using either the RNA-seq technique or qPCR. Furthermore, we discussed the influences of various bioinformatics tools on accuracy of quantification and the potential sources contributing to the expression differences between the RNA-seq and pPCR techniques. 

Tóm tắt

Nghiên cứu này sử dụng kỹ thuật giải trình tự RNA (RNA-seq) và PCR định lượng (qPCR) để khảo sát sự biểu hiện của các gen liên quan đến tính trạng sinh sản ở các mô đích khác nhau của tôm sú cái tự nhiên và gia hóa. Mục tiêu của nghiên cứu là so sánh sự tương đồng trong phân tích sự biểu hiện gen bằng 2 kỹ thuật khác nhau. Đối với mô gan tụy, 6 trong số 10 gen khảo sát có sự biểu hiện tương đồng giữa 2 kỹ thuật sử dụng. Tuy nhiên, gen cytochrome P450 2L1-like có biểu hiện giảm khi phân tích bằng kỹ thuật RNA-seq và biểu hiện tăng khi phân tích bằng qPCR. Đối với mô buồng trứng, gen anti-lipopolysaccharide factor-like và gen NADH dehydrogenase subunit 1 có biểu hiện tương đồng khi phân tích bằng cả 2 phương pháp. Các gen biểu hiện ở mô gan tụy cũng được khảo sát ở mô buồng trứng. Các gen này không có biểu hiện hoặc biểu hiện không có ý nghĩa thống kê khi phân tích bằng kỹ thuật RNA-seq hoặc qPCR. Nghiên cứu cũng thảo luận các công cụ tin sinh học ảnh hưởng đến mức độ chính xác trong định lượng và những vấn đề có thể làm sai khác kết quả giữa các kỹ thuật sử dụng để phân tích sự biểu hiện gen.