TIỀM NĂNG CHỌN GIỐNG HỆ GEN MỘT SỐ TÍNH TRẠNG SINH TRƯỞNG TRÊN CÁ CHIM VÂY VÀNG VÂY NGẮN (Trachinotus anak)

Abstract

The oyster pompano (Trachinotus anak) is an emerging aquaculture species in Asia, yet genomic resources to support selective breeding remains limited. This study evaluated the potential of genomic selection for growth-related traits in T. anak using single nucleotide polymorphism (SNP) markers. A total of 300 individuals from a cultured population in Northern Vietnam were phenotyped for total length, body length and head length. Fin-clip samples were collected for DNA extraction and genotyping using DArTSeq technology (genotyping by sequencing). After quality filtering, 11,356 SNP markers were used to estimate genetic parameters using a genomic best linear unbiased prediction (GBLUP) approach. Phenotypic analyses revealed moderate variation among individuals, with coefficients of variation ranging from 7.93% to 11.28%. Genomic heritability estimates were moderate to high, with values of 0.70 for total length, 0.65 for body length, and 0.60 for head length. Strong positive genetic correlations were observed among the traits (0.85–0.92), indicating that these morphometric traits are genetically related and may be controlled by common genomic regions. The results suggest that selection for one growth trait could lead to correlated improvements in other related traits. Overall, this study demonstrates that genomic information derived from DArTSeq markers provides valuable insights into the genetic architecture of growth traits in T. anak and supports the potential application of genomic selection to accelerate genetic improvement in oyster pompano breeding programs.

Tóm tắt

Cá chim vây vàng vây ngắn (T. anak) là đối tượng nuôi hải sản mới nổi ở châu Á, tuy nhiên các nguồn dữ liệu hệ gen phục vụ cho công tác chọn giống vẫn còn hạn chế. Nghiên cứu này đánh giá tiềm năng của phương pháp chọn giống hệ gen đối với các tính trạng liên quan đến tăng trưởng ở cá chim vây vàng vây ngắn bằng cách sử dụng các chỉ thị đa hình nucleotide đơn (SNP). Nghiên cứu được thực hiện trên 300 cá chim vây vàng vây ngắn bằng việc thu thập các số liệu kiểu hình gồm chiều dài tổng thể, chiều dài thân và chiều dài đầu. Mẫu vây cá được thu thập cho từng cá thể, liên kết với dữ liệu kiểu hình, sau đó tách chiết ADN và giải trình tự gen. 11.356 chỉ thị SNP được sử dụng để ước tính các thông số di truyền bằng phương pháp dự đoán tuyến tính hệ gen (GBLUP). Kết quả phân tích kiểu hình cho thấy, giá trị biến thiên giữa các cá thể từ 7,93 - 11,28%. Hệ số di truyền hệ gen cho các tính trạng nghiên cứu có giá trị tương đối cao (0,60 - 0,70). Tương quan di truyền tích cực và cao giữa các tính trạng sinh trưởng (0,85 - 0,92), cho thấy các đặc điểm hình thái này có mối liên hệ di truyền chặt chẽ và có thể được kiểm soát bởi các vùng hệ gen chung. Kết quả này chỉ ra rằng, việc chọn lọc một tính trạng tăng trưởng có thể dẫn đến sự cải thiện đồng thời ở các tính trạng liên quan khác. Nhìn chung, nghiên cứu này cho thấy, thông tin hệ gen thu được từ các chỉ thị SNPs cung cấp những hiểu biết quan trọng về cấu trúc di truyền của các tính trạng tăng trưởng ở cá chim vây vàng vây ngắn, đồng thời khẳng định tiềm năng ứng dụng chọn giống hệ gen nhằm thúc đẩy cải thiện di truyền trong các chương trình chọn giống cá chim vây vàng vây ngắn.